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信息首页 | 自动归档系统:HuashanMuscleAuto
HuashanMuscleAuto是一个以python和Go语言为基础的自动化归档流程,包含数据提取、档案上传、自动分类、文件备份、微信提醒等多项功能。
患者档案(评估表、检查、住院记录等)上传到[Alist临床资料收集系统]后,每天后台会自动进行档案的分类处理,[Teable数据库]将会生成所有的索引和数据,[paperless]档案系统会储存所有的档案资料。
新的归档流程会将所有的数据与档案问卷同时同步在三个地方(服务器,NAS,百度云)。
多端同步的每一步都是增量同步(只能自动添加文件,不能减少文件,要删除只能手动一个个删除)。
1.手机扫描 or PDF表单直接填写
评估者负责评估完扫描与上传
- 不管是支持电子填写的PDF form还是手机扫描的各类档案都尽可能以PDF的格式准备好上传,此外照片图像的JPG/PNG等格式也支持,后续处理的时候会被自动转换成pdf格式储存。
- 导出的扫描文档应该选黑白模式的低/中质量,最大一个pdf不能超过10m
2.文件重命名
文件命名规范
文件必须按以下格式命名:唯一ID 档案日期 档案类型 [档案备注].pdf
后续每个文件会生成一个事件ID,通过唯一ID或者事件ID可以在teable数据库关联特定的人,或者其特定随访点,所有档案可以在teable数据库的档案索引看到
- 张三19900101 20240101 血常规.pdf('唯一ID'是'张三19900101','事件ID'是'张三19900101_20240101', '档案日期'是'20240101','档案类型'是'血常规')
- 李四王20000202 20240202 MG评估 术前.pdf('唯一ID'是'李四王20000202','事件ID'是'李四王20000202_20240202', '档案类型'是'MG评估', '档案备注'是'术前')
- 吐尔佚名·麦佚名19671028 20220202 DM评估 新疆.pdf('唯一ID'是'吐尔佚名·麦佚名19671028','事件ID'是'吐尔佚名·麦佚名19671018_20220202', '档案类型'是'DM评估', '档案备注'是'新疆')
- 徐佚名19640501 20241012 手术照片 1.jpg('唯一ID'是'徐佚名19640501','事件ID'是'徐佚名19640501_20241012', '档案日期'是'手术照片', '档案备注'是'1')
支持的档案类型
- 所有支持的档案类型:胸腺影像、MG抗体、病案首页、MG评估、手术照片、住院记录、检验结果、甲状腺功能、肌电图、知情同意书、胸腺病理、心电图、乙肝两对半、基因检测、肺功能、DM评估、淋巴细胞、血常规、LEMS评估、GNE评估、LGMD评估
- 会执行数据提取的档案类型:血常规、淋巴细胞、肌电图、DM评估、MG评估、LEMS评估、GNE评估、LGMD评估
- 少数民族的名字中间有个圆点在中间的分隔符
·
,可以用键盘的shift
+~
打出来
3.上传到Alist临床资料收集系统
- 评估人员用下面的链接,将档案文件上传到肌病组云盘”待归档档案”文件夹
4.HuashanMuscleAuto后台自动归档
归档原则
- 每天凌晨1点HuashanMuscleAuto将会自动对收集系统内的文件进行处理
- 只有符合格式要求档案的才会被系统处理,命名不正确的会被移动到待审核文件夹内,已经重复上传过的会保留在原来的位置
- 待审核区域(如,存放评估表)需要等审核人员审核后移出到普通区域才会被进一步处理。
基本的处理逻辑
- 生成文件索引:每天定时对各表型文件夹内的档案文件进行检索,对文件名进行解析,修复命名错误,查询文件的格式,生成唯一ID与事件ID,查询文件是否之前已经上传过teable数据库。只有格式符合要求的文件会进入到后续步骤。
- 数据提取:对于医院的检验检查pdf按照格式进行提取(淋巴细胞、血常规、肌电图)、对于PDF电子表单进行表单信息提取(DM评估、MG评估、LEMS评估、GNE评估)
- 上传paperless档案系统:文件会进行压缩,元数据的提取,进而被上传到paperless档案系统
- 上传teable数据库:数据提取+文件索引 会被上传到teable数据库对应的各自表格内
- 微信通知:任务完成后,任务报告会由BOT推送到微信群
归档日志示例:2024-11-15处理日志记录log
5.微信群通知与bot查询
- 每天自动归档任务,微信bot会群内推送完成报告
- 想查询某个病人的档案信息也可以@bot发送
唯一ID
查询
5.自动同步服务器档案柜已清洗文件到NAS
- 每天晚上4点自动执行一次同步任务,通过rsync协议将paperless档案系统与teable进行文件同步同步(NAS→百度云)
- 作者:华山肌病组
- 链接:http://huashanmuscle.com//article/11756344-f16e-8074-8cd2-d3a1d7d52f59
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议,转载请注明出处。